Biyolojinin açıklamakta zorlandığı başlıca kavramlardan ikisi “analog ve homolog” durumlarıdır. Burada “durum” kelimesini seçmemiz rastlantısal değildir, zira gözlemci olarak bir şeyle karşılaşıldığında kullanılabilecek en doğru nitelendirme “durum”dur. Anatomide homolog organ, gelişim kökenleri benzer ancak aynı görevi yapmak zorunda olmayan organları ifade eder. Bu tip organların gelişimi benzer moleküler mekanizmalara bağlıdır, hücresel bileşimleri ve kökleri birbirine benzer; ancak işlevsel anlamda farklılıklar gösterir. Bu duruma sık verilen bir örnek fokun ön yüzgeci ve insan koludur. Fok yüzgeci yüzmek amacıyla, insan ise kolu iş yapmak amacıyla kullanır. Analog organlar için ise durum farklıdır, analoji “farklı organların aynı işi görmeleri” durumu için kullanılır. Bu konuda verilen örneklerden biri midyedeki ve balıklardaki solungaçlardır. Her iki organ da sudaki oksijeni vücuda alır, ancak gelişimleri ve kökleri birbirinden farklıdır. Benzer kavram elbette bitkilerin solunum işlevi için de söylenebilir.
Senaryo tek bir sahneyle anlaşılamaz
Bu tartışmaların merkez noktası canlıların günümüzdeki durumunun nasıl açıklanacağı sorunudur. Açıklamanın bir ucunda “yaratılış” kavramı vardır, diğer uçta ise “evrim” kavramı yer alır. Yaratılış aslında bir açıklama getirmek zorunda değildir, “böyle başlamıştır” ve tartışılacak bir yanı yoktur. Evrim ise tek bir kökenden gelinmiş olduğu, yani atlamalı ya da zıplamalı ara dönemler, kavşak noktalarında çatallanmalar, yol ayrımları, çıkmaz yollar olsa bile lineer sürecin varlığını temel alır. Bu durumda evrim görüşünü desteklemek isteyenlerin işi zordur, ama yaslandıkları temel açıklama da çok kolay bir çözümdür: “Darwin’e göre analog organların oluşumu isteğe bağlı değil ancak doğal çeşitliliğin içinden, ortama en uygun olanların seçilmesi yoluyla gerçekleşir. Midye ve balık örneklerinde, suda yaşayan canlıların çevresel etkileşimleri, bu canlılarda solungaç oluşumunu evrimsel olarak seçmiştir.” Lamarck ise analog organların oluşumunun, canlıların ihtiyaçları olduğu için gerçekleştiğini söyler, yani rastlantısallıktan çok “ihtiyaca binaen” açıklaması ağır basar.
Biz yaşam süremiz açısından geçmişe göre çok kısa bir süreyi işgal ettiğimizden hangisinin doğru olduğunu gözlemleyerek bulmak şansımız yoktur. Mevcut kemik fosilleri diğer dokuların nasıl olduğuna ilişkin bir açıklama getirmez, sadece kemik iskeleti gösterir, yumuşak dokular çürüyüp ortadan kalktıklarından, ancak mevcut duruma göre yakıştırmalarla yerine yerleştirilebilir. Dolayısıyla bugün dinozorların nasıl göründüğüne dair resimlerin hemen hepsi aslında betimlemelerdir.
Biyolojinin kısıtlılıkları, canlı ve ortamın ayrıştırılması
Bununla birlikte, biyolojik algının ciddi kısıtlılıkları vardır. Her şeyden önce, biyoloji de kaçınılmaz olarak gözlem üzerine kuruludur. Balığın nasıl solunum yaptığı, üremesinin nasıl olduğu gibi kavramları olanı gözleyerek betimler, gözlemin doğruluğunu ise doğal süreci bozarak kanıtlamaya çalışır. Bu yaklaşımın teknik açıdan en uç örneği gen işlevlerinin ortadan kaldırılmasıdır (knock-out teknikleri), ama sonuç yine gözlemle cevap bulur. Örneğin pax 9 geninin ortadan kaldırılması omurga yapısını etkiler, biçimsel bozukluklara neden olur. Lakin bazı genlerin işlevlerini ortadan kaldırılması yaşamla bağdaşmadığından hiç gözlemlenemediği gibi, bazılarının da “etkisi hiç yoktur” sonucuna varmak seyrek rastlanan bir durum değildir, dolayısıyla bulmacanın parçaları hiç saptanamayabilir.
Biyolojinin bir diğer algı kısıtlılığı ise, canlı ve yaşadığı ortamı birbirinden aşırı ayırmaya çalışması, daha doğrusu “ekosistem” gibi bir genellemeye sığınarak, diğer olası etkileri kapsam dışında bırakır. Ekosistem elbette önemlidir, ancak son derece yetersizdir. Birkaç örnekle açıklamaya çalışalım, balıkların tat algısının önemli bir bölümü dilleriyle değil, derilerinin üzerindeki tat alıcıları tarafından gerçekleştirilir. Benzer biçimde, erkek balıklar dişinin bıraktığı yumurtaları, spermlerini üzerlerine püskürterek dışarıda döllerler. Dolayısıyla yaşanan ortam sadece basit bir ekosistem değildir, aslında canlının işlevinin bir parçasını ya da aşamasını da pekala üstlenebilir. O halde örümceğin ağından tutunuz, sığırcık sürülerinin dansına kadar, canlı ve içinde yaşadığı ortam aslında birdir.