Uçları seven bakteriler: Ekstremofiller

Yüksek sıcaklık, yüksek basınç, aşırı soğuk, aşırı tuzluluk, oksijen miktarının çok az olması, yüksek doz radyasyon, ultraviyole gibi koşullarda yaşayabilen, yani “uç ortamları seven” mikroorganizmaların ekstremofil olarak adlandırıldığından geçen yazımızda bahsetmiştik. Bu bakteriler, örneğin diğerleri oksijeni enerji kaynağı olarak kullanırken, metan ya da sülfürü de enerji oluşturmada kullanabilirler. Dolayısıyla diğer bakterilerin ya da bizim hayatta kalamayacağımız ortamlarda yaşamlarını sürdürürler. Ne var ki ekstrem bakterilerin varlığının saptanması bizim onları araştırma becerimizle doğrudan ilişkilidir. Okumaya devam et Uçları seven bakteriler: Ekstremofiller

Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-III

  1. Küresel piliç döngüsü, Türkiye’deki uzantıları

Bu antibiyotiklerden mesela roksarson Pfizer tarafından üretilmekte, metionin hidroksi analoğu bir Monsanto kuruluşu olan Novus International tarafından satılmaktadır. Roksarsonun birinci sınıf kanserojen arsenik bileşiği olduğu FDA tarafından Ekim 2013’te kabul edilmiş, McDonalds roksarsonlu piliç kullanımını iki yıl içerisinde sonlandıracağını Mart 2015’te açıklamıştır (ama elbette hiç antibiyotiksiz değil, tavuk “fast”-food zincirine giremez, çünkü “çabuk” pişemez). Bunları pazarlayan Türkiye mümessili arkadaşlarımızın çoğu, aynen DSM Türkiye için olduğu üzere, eski ilaç firması çalışanıdır. Dolayısıyla “yerli piliç endüstrisi” diye açılan daire, ilaç şirketleri yörüngesinde dolanıp, “sağlıklı beyaz et” sloganıyla taçlanırken, Türkiye’de neden “Dikkat Lenfoma Çıkabilir” farkındalık kampanyasının yürütülmüş olduğunu da çok güzel açıklar. Roche bu kampanyayı “Yunanistan’da B hücreli lenfoma çok var, Türkiye’de neden yok” sorusunun yanıtlanması amacıyla Ulusal Hematoloji Derneği’ne yaptırmıştır (2007). Bilimsel temeli bulunmayan bir kampanya, onay veren Bakanlık ve yürüten ulusal dernek, ne hazin! Ve ne ulvi bilimmiş ki, lenfoma kampanyasının kasaya aktarılan fonları sayesinde Acıbadem’de “dernek merkezi olmaya uygun” satılık villa aramıştır. Okumaya devam et Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-III

Havanın “matriks” hali

İster hücreler, isterse organizmalar, canlıların yaşam özellikleri öyle ya da böyle içinde bulundukları ortama bağlıdır, buna aşina olduğunuz üzere “matriks” adını veriyoruz. Ne var ki matriks kavramı anlamı açısından bir yerde sanal görünmektedir. Hava ve su örneğinden gidelim, su insanlar tarafından kolay algılandığından matriks adlandırması için makul bir örnek sunar, onu avcunuza doldurabilir, içebilirsiniz. “Oysa hava da bir matrikstir” dediğinizde durum karışır, içinde bulunduğumuz, nefes almamızı sağlayan, ama beri yandan kolay hissedilemeyen bir ortam vardır. Biz bu ortamı estiğinde, oksijen tükendiğinde ya da nem oranı yükseldiğinde kısmen algılayabiliriz. Nitekim bilim camiasının havanın ne olduğunun ayırtına gitmesi diğer ortamlara göre çok daha geç gerçekleşmiştir. Havanın bir ortam olduğu, aynen su gibi basınç oluşturduğunun bulunması ise Torricelli (1608-1647) döneminde kadar gider. Okumaya devam et Havanın “matriks” hali

Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-II

  1. Bilimsel arka plan

Şimdi gelelim işin bilimsel arka planına, yani bir civcivi 40-45 günde nasıl 2.2-2.5 kg canlı ağırlığa getirebildiklerine, bunu neye binaen yaptıklarına… Aslında bu süreci bir kitap bölümü olarak anlattım, okuma lütfünü gösterenler için kaynaklarıyla birlikte fazlasıyla açıklayıcıdır. Bu yazıyı yeniden ve daha fazlasını isteyenler için yeniden hazırladım. Tartışmayı pilicin bilinen, daha doğrusu algılanabilen özelliklerine dayandıracağım. Okumaya devam et Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-II

Bir şey aslından daha iyi olabilir mi?

Son haftaların tavuk / piliç tartışmaları (bu sitede de yer alacak ikinci ve üçüncü yazılar), yürümeye ve irdelemeye değer bir yol açarak sonuçlandı; “bir şey aslından daha iyi olabilir mi?” “Asıl olanın” bir şeyin esası olduğu mantığıyla düşündüğümüzde olmazmış gibi geliyor ki, genelleme olarak yanlış olduğunu söyleyemeyiz. Mesela piliç aslı olan tavuktan daha iyi olamaz. Gelin görün ki, kollajen / glikozaminoglikan gibi detayları dikkate almazsanız ikisi de birbirine benzemektedir, ağırlıkları üç aşağı beş yukarı aynıdır (hatta piliç istenen ağırlığa ayarlanabilir). Buna karşılık pilicin (antibiyotik, kimyasal vb. detayları da saymazsanız) dört aya karşılık 40 günde büyümesi, 25 dakikada pişmesi, 4-5 liralık kilogram fiyatı (tavuk 15-20 liradan aşağı olamaz) aslında hem üreticiye hem de tüketiciye daha üstün görünen özellikler sunar. Hele hele bunu bir de “akşam bir hız ne pişireyim de dizinin başına oturabileyim” gözleriyle irdelerseniz, iki patates, havuç ve soğanın da kolaylığı hesaba katıldığında, piliç elbette aslı olan tavuğa üstün görünmektedir (bu son neden endüstrinin elini dara sokan en önemli unsurdur, kimse işten yorgun argın çıkınca, eve ancak iki saatte pişen bir şeyi götürmek istemez). Okumaya devam et Bir şey aslından daha iyi olabilir mi?

Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-I

(Ahmet Aydın Ağabeyin değerli anısına ithaf edilmiştir)

  1. Arka plan, beslenme meselesine bulaşma

Benim beslenme konusunda bundan yaklaşık beş yıl öncesine kadar herhangi bir kişisel hassasiyetim yoktu. Bu konuda okumaya başlamamın nedeni Vatan Gazetesi köşe yazarlarından Mutlu Tönbekici’nin 5 Ocak 2010 tarihli “Yoğurtlar artık niye bozulmuyor?” başlıklı köşe yazısıdır. Yolumu sonrasında rahmetli Ahmet Aydın’la da birleştiren bu yazı, beslenme paradigmasını anlamaya çalışmamın başlangıcı olsa da, “büyük değişikliklerin küçük farkındalıklarla başlayacağı” gerçeğini de idrak etmeme neden olmuştur (Mutlu Tönbekici bu anlamda Newton’dan farklı değildir, herkesin ortak gözlemini o dile getirmiştir). Yazı önüme, yayınlanmasından sonraki hafta sonu anneannemiz tarafından kondu. Yoğurdun eninde sonunda ekşimesi gerektiğini bilen biri olarak bakkaldan satın alıp yediğim yoğurdun aylarca dursa bile ancak küflendiğini bilmeme rağmen, yazının başlığının doğruluğunu, bakkal kardeşim Muzaffer’den aldığım bir dizi ambalajlı marka yoğurdu (ve sonrasında UHT kutu sütü) iki ay bekleyerek yeniden sınadım. Set yoğurt olarak adlandırılan homojenize ambalajlı yoğurdun, UHT uzun ömürlü kutu sütün ve elbette ultrasonik homojenizasyondan geçen ambalajlı ayranların neden ekşimediğini anlamam ise yaklaşık iki yıl sürdü. Bir gıdanın, doğal bozulma yolunu ancak geciktirebilirsiniz, soğutarak ya da kurutarak, ama doğal bozulma (ekşime, çürüme vb.) değişmişse o zaman gıdanın içeriğinin tümden değiştiğini kabul etmek zorundasınız. Bu bilgi ve incelemeler gıdada endüstriyel işlemin en azından bir “sülfür tuzağına” neden olduğu (sülfür gruplarının basınç ve sıcaklığa bağlı çapraz bağlanmaları) çıkarımıyla sonuçlandı, çünkü ben bunu kendi ev laboratuarımda (kabin ve etüv) Biyokimya Anabilim Dalı’ndan aldığım sülfürlü amino asit metioninle tersten test edebildim. Bu konunun detayı Yemezler!’de anlatılır, ama elbette sülfür dışındaki grupların da etkilendiği, bozulduğu zaten bilinmektedir. Sülfür içeren amino asitlerin merkezi önemi insan ve hayvan vücudunda yapılamamalarıdır. Bu bileşiklerin çoğu için yegane sentez mikroorganizmalar, aromatikler için de özellikle bitkilerdir. Dolayısıyla bir Taş Devri Diyeti söz konusu bile olsa, hayvanın bu kaynakları dışarıdan alması zorunludur. Dolayısıyla “halkımızın ucuz protein ihtiyacını karşılamaktan” söz edildiğinde, ki daha çok akademi erbabı tarafından kullanılır, esansiyel amino asitlerin hayvanlarda da sentezlenemediği gerçeğini unutur. Okumaya devam et Tavuk sanılan, piliç denilen kuş-I

İnsanlar sadece gözleriyle gördüklerine inanırlar

Canlı sistemin nasıl çalıştığına ilişkin görüşler son iki yüzyılda günümüz düzeyine erişmiş görünse de, yorumun ne kadar doğru olduğu her zaman tartışmalıdır. Bunun bir nedeni patlamalı motor, elektrik gibi diğer alanlarda ortaya çıkan yeniliklerin biyolojik yorumu da değiştirmiş olmasıdır, zira yorum benzetmeler üzerinden şekillenir. Buna karşılık çok daha geriye giderseniz, aynen bir çocuğun bakış açısı gibi, daha saf yorumlara da varabilirsiniz. Aristo dokuları incelediğinde elbette kas tabakasını ayırt etmeyi başarmıştı, buna karşılık bugün bizim “faysa” olarak adlandırdığımız kasların etrafındaki zarları “sinoyva benzeri beyaz doku” olarak nitelendirmişti. Gün gelip de bilime faydacı mantık hakim olduğunda faysa da kasların bütünlüğünü sağlayan destek dokusuna dönüştüş, yani yapısal bir unsura indirgendi. Aynı şey kuşkusuz kemik zarı için de geçerlidir, bu zarın kemiğin yapımından sorumlu olduğu bilinse de, daha fazlasının mümkün olabileceğini kimse düşünmez. Karaciğerin zarı, böbreğin yağ yastığı gibi dokusal özellikler hep “desteklemek, ayrıştırmak” mantığına dayanarak değerlendirilir. Yağ dokularının genel olarak metabolik etkinlik gösterdikleri bilgisi nispeten yenidir, diyabetin artışıyla ivmelenen araştırmalar yorumu bu yöne doğru sürüklemiştir. Ancak omurga kemiklerini birbirine bağlayan bağlar konusunda henüz böyle bir çıkarım söz konusu değildir, o nedenle bağlar hala ortopedi ya da beyin cerrahisinin “tamir edici” yaklaşımları içerisinde kalır. Okumaya devam et İnsanlar sadece gözleriyle gördüklerine inanırlar

Bilimde esas olan yenilikçi düşüncedir

Karşılaştığım genç bilim insanı adaylarına, ileride ne yapmak istediklerini sorduğumda, bir kısmından en azından bilimle uğraşmak istedikleri cevabını alıyorum. Bunların bir bölümü ise “araştırmacı” olacağım diyor. Çoğunun aklında Amerika’da master ve doktora var, hatta en
moda projeyi de moleküler biyoloji oluşturuyor. Aslında onlara hak veriyorum, bundan yirmi
yıl önce bana da sorulsaydı “ne yapmak istiyorsun” diye, ben de araştırma yapmak istiyorum
derdim. Ancak bizim, bugünde kırılamamış kötü bir alışkanlığımız var, biz araştırmayı
makinelerin yapabileceğini düşünmeye başlamışız. Hani bir söz vardır; “nereye gideceğini
bilmeyen kaptana hiçbir rüzgar yardım edemez diye”, maalesef bilimde de bu noktaya
varmışız. Oysa Einstein’ın sözüdür, “hayal edebilmek, bilgi sahibi olmaktan daha önemlidir”.

Okumaya devam et Bilimde esas olan yenilikçi düşüncedir

Anlatamıyorum

Bizim biyoloji ve insan vücudu konusundaki okumalarımızın aslında iki amacı var. İlki, aslında içine doğup da hiç bilmediğimiz bir sistemin açıklanması. Bunu yapmanın en kolay yollarından biri bugüne dek yapılanları gözden geçirmektir. Örnekle anlatmaya çalışalım, C vitamini eksikliği skorbüt denen bir tabloya neden olur. Düz ansiklopedi bilgisi olarak verelim “halsizlik, kolayca kanayan ve geriye çekilen dişetleri, ciltte morluklar, eklemlerde ağrı genel belirtileridir. Yorgunluk, iştah azalması, yara iyileşmesinde gecikme, deride kuruluk ve çatlamalar, eklemlerde şişmeler olur. Vücut direncinin azalmasından dolayı grip ve nezleye yakalanma riski artar.” Bu tablonun bileşenlerini okuyup ezberlemiş bir doktor, karşısına benzer belirtilerle gelen bir hasta olduğunda skorbütten şüphelenebilir. Ne var ki belirtiler başka hastalıklarda da olabileceğinden aslında teşhis de elbette bir hata payı taşır. Tablonun tedavisi C vitamini verilmesi olduğundan, tedavinin sınanmasının bir yolu budur, verir ve hastanın şikayetlerinin ortadan kalkıp kalkmayacağını izlersiniz. Kalkmazsa o zaman tanı yeniden gözden geçirilir.  O halde deneysel bile değil, sadece bildiklerinizi kullanarak canlı sistemin nasıl çalıştığına dair varsayımlarda bulunabilirsiniz. Okumaya devam et Anlatamıyorum

Tarım ilacı kalıntısı evde tutturulmuş yoğurtla giderilir

Beslenmede sebze ve meyveler elbette çok önemli bit yer tutar. Asında insanın diş yapısına baktığınızda kesicilerin ve öğütücülerin iyi gelişmiş olduğunu görürsünüz. Bu insanın beslenmesinin daha çok sebze ağırlıklı olması anlamına gelmektedir. Nitekim bizim geleneksel mutfağımıza baktığınızda da kemikli et katkılı yemeklerin ağırlıklıdır. Coğrafyada karasal kesime geçildikçe et varlığını korur, ama ağırlık bu kez tahıldadır. Sadece bu kadarı bile beslenmenin geleneksel olmasının ötesinde coğrafi özellikler gösterdiğini de destekler. Ne var ki gıdanın endüstriyel koşullarda kalitesiz, ama bol üretilebilmesi, “dengeli beslenme” kavramının kötüye kullanılmasına yol açmıştır. Pek çok endüstriyel ürün önce “çok sağlıklı olduğu” dayatmasıyla hayatımıza sokulmuş, sonrasında da örneğin “Amerika’nın şu kadar tüketiyor” olmasından yola çıkılarak her şeyden çok miktarda yenmesi hedefi konmuştur. İşin üzücü yanı, bu söyleme hep bilim camiasının aracılık etmesi ya da bizatihi sözcülüğünü üstlenmesidir. Üretim miktarının kalitesiz de olsa artması ihtiyacı karşılamanın ötesine geçmiş, medyayı da kullanarak tüketimi körüklemiştir. Okumaya devam et Tarım ilacı kalıntısı evde tutturulmuş yoğurtla giderilir